巧克力囊肿通常可以做试管(即试管婴儿)。巧克力囊肿通常由于子宫内膜在卵巢内种植，或者生发上皮，化生为子宫内膜，使卵巢出现子宫内膜异位，而陈旧性血液聚集在囊内，似巧克力状。
如果患有巧克力囊肿，同时合并卵巢储备功能下降、炎症，以及不孕症，如输卵管堵塞等，或者因男方少精、弱精等因素需进行试管婴儿时，可考虑直接进入试管婴儿周期，进行试管婴儿移植后的成功率、妊娠率和活产率皆无区别，并不影响做试管婴儿。如果巧克力囊肿巨大，在8-9cm以上，增长较快或出现囊实性成分，通过病理活检，除外恶性病变的情况下，需要在进行试管婴儿前进行腹腔镜手术。当去除巧克力囊肿后可以做试管婴儿，否则可能会影响卵子生成，进而无法完成取卵，因此巧克力囊肿通常可以做试管婴儿。
此外，由于巧克力囊肿有一定的复发概率，因此建议遵医嘱及时就诊随访，必要时需进行妇科检查、腹部B超、卵巢肿瘤标志物等相关检查，以明确症状的控制情况。
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