男人生殖器官小的原因主要包括有生理性的原因，也包括有病理性的原因导致比如原发性小阴茎、促性腺激素分泌过多的性腺功能减退、促性腺激素分泌不足的性腺功能减退等。
一、生理性的原因
阴茎外观虽然短小，但是达到正常标准范围之内。部分人群由于过于肥胖等因素而引起生殖器官看起来短小，性功能正常，是属于一种生理性的现象，不需要特殊医学干预。
二、病理性的原因
1、原发性小阴茎：是先天性的下丘脑-垂体-睾丸轴激素分泌正常的男性患儿有小阴茎的畸形。可以随时复诊观察，一般到了青春期阴茎又能逐渐的增长，暂时不需要特殊处理。
2、促性腺激素分泌过多的性腺功能减退：主要是由于患者的睾丸本身发育不良，炎症或者是受到各种原因的损伤，以及进行化疗局部放疗之后导致睾丸分泌睾酮和产生精子能力下降，从而出现男性生殖器官比较小的状态。
3、促性腺激素分泌不足的性腺功能减退：主要是由于下丘脑促性腺激素释放激素或者垂体促性腺激素分泌缺乏或者减少所导致，出现男性生殖器官较小的状态。
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